Die erste Runde der Exzellenzinitiative startete 2006. Zum ersten Mal waren die über 100 deutschen Universitäten aufgefordert, sich in den drei Linien 'Graduiertenschulen', 'Exzellenzcluster' und 'Zukunftskonzepte' zu bewerben. Bereits in dieser Runde war die Universität Bremen sehr erfolgreich. Ihr wurden gleich drei Exzellenzeinrichtungen bewilligt: Die meereswissenschaftliche Graduiertenschule GLOMAR, die sozialwissenschaftliche Graduiertenschule BIGSSS und das Cluster MARUM - The Ocean in the Earth System.