Emil Ruff erforscht die verborgenen Lebensräume unseres Planeten. Der Mikrobiologe beschäftigt sich zumeist mit Mikroorganismen, die in extremen Umgebungen leben und dabei eine wichtige Rolle für die Stoffkreisläufe der Erde spielen. Im Fokus stehen dabei der Kohlenstoff- und Sauerstoffkreislauf, beide werden von Mikroben und Ihrer Stoffwechselaktivität maßgeblich beeinflusst.
Seine Forschung führte ihn in einige der außergewöhnlichsten Lebensräume der Erde. Er untersuchte unter anderem Methanquellen und hydrothermale Sedimente der Tiefsee, uralte Grundwassersysteme unter der kanadischen Prärie, und Wasseradern in einer der tiefsten Goldminen Südafrikas. Sein Ziel ist es, die Wechselwirkungen mikrobieller Gemeinschaften mit der Natur besser zu verstehen. Dafür untersucht er gezielt vergleichsweise einfache Ökosysteme mit geringer Artenvielfalt, um grundlegende Prozesse sichtbar zu machen.
Internationale Aufmerksamkeit erlangte Ruff 2023 mit einer Entdeckung in tiefen Grundwässern. Gemeinsam mit seinem Team fand er Hinweise darauf, dass Mikroorganismen Sauerstoff auch ohne Licht produzieren können. Dieses Phänomen wird als „Dark Oxygen“ bezeichnet. Die Ergebnisse eröffnen neue Perspektiven für das Verständnis der tiefen Biosphäre und der Entwicklung komplexen Lebens auf der Erde.
An der Universität Bremen möchte Ruff seine Forschung verstärkt auf die Küstenzone ausrichten. Im Mittelpunkt stehen dabei die Stoffflüsse und ökologischen Wechselwirkungen zwischen Küstengewässern, Marschland und Küstengrundwasser. Ein Thema mit dem er die Zusammenarbeit zwischen marin- und terrestrisch ausgerichteten Forschungsgruppen des Fachbereich 2 stärken möchte. Gemeinsam mit dem MARUM verfolgt er das Ziel, Bremen als internationalen Standort für die Erforschung der dunklen Sauerstoffproduktion aufzubauen.
Aufgewachsen in Süddeutschland, kam Ruff für seine Promotion an das Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie nach Bremen. Dort entwickelte er sein wissenschaftliches Interesse an mikrobiellen Lebensgemeinschaften und deren Bedeutung für globale biogeochemische Prozesse. Nach einem Forschungsaufenthalt an der University of Calgary wechselte er 2018 an das Marine Biological Laboratory in Woods Hole, Massachusetts. Dort leitet er bis heute eine eigene Arbeitsgruppe. Ruffs Forschung wird unter anderem von der NASA, dem Human Frontier Science Program und der Simons Foundation gefördert. Im Jahr 2024 wurde er als Kavli Fellow der National Academy of Sciences der USA ausgezeichnet.
