In seiner Forschung geht er der Frage nach, warum vergleichbare Länder auf ähnliche Herausforderungen politisch unterschiedlich reagieren. Ein Schwerpunkt liegt auf Steuerpolitik und Staatsverschuldung. Darüber hinaus befasst er sich mit politischer Geographie, insbesondere mit Unterschieden zwischen Stadt und Land. An die Universität Bremen bringt er zwei Forschungsprojekte zur ungleichen politischen Repräsentation urbaner und ländlicher Räume mit.

Ein weiteres zentrales Interesse gilt den politischen Folgen von Deindustrialisierung. Diese Perspektive ist auch biografisch geprägt: Haffert ist im Ruhrgebiet aufgewachsen und hat die strukturellen Veränderungen der Region aus nächster Nähe erlebt. Zuletzt war er elf Jahre in der Schweiz tätig und wechselt nun von der Universität Genf nach Bremen.

Zuvor forschte und lehrte er unter anderem an der Universität Zürich, an der Harvard University, am Europäischen Hochschulinstitut in Florenz sowie am Max-Planck-Institut für Gesellschaftsforschung.

In der Lehre legt der Politikwissenschaftler besonderen Wert auf die Vermittlung von Ambiguitätstoleranz. In den Sozialwissenschaften gehe es selten um eindeutig richtige oder falsche Antworten, sondern um die Abwägung von Argumenten.