Professor Busse hatte 2003 nach vielen Jahren als Wissenschaftler an der Universität Paderborn und später als Führungskraft in der Forschung des Volkswagen-Konzerns die Leitung des Fraunhofer-Institutes für Fertigungstechnik und Angewandte Materialforschung IFAM in Bremen, Institutsteil Formgebung und Funktionswerkstoffe, übernommen. Zeitgleich wurde er auf den Lehrstuhl für „Endformnahe Fertigungstechnik“ am Fachbereich Produktionstechnik der Universität berufen.
In seiner Zeit am IFAM entwickelte sich die Forschungseinrichtung zu einer der größten innerhalb der Fraunhofer-Gesellschaft. Matthias Busse kam bei der Ausrichtung des Instituts seine große Erfahrung innerhalb der Automobilbranche zugute. Bei der Vernetzung von Wissenschaft und Wirtschaft und der Bildung neuer, hochaktueller Forschungsschwerpunkte – unter anderem in den Bereichen Leichtbau sowie Energiespeicher und Systeme – kamen dem IFAM die guten Verbindungen und umfangreichen Kenntnisse ihres Institutsleiters zugute.
Auch an der Universität Bremen begeisterte Professor Busse die Studierenden mit dem breiten Erfahrungswissen aus seiner beruflichen Praxis. Seine Vorlesungen, insbesondere „Endformnahe Fertigungstechnologien“, wurden von seinen Hörerinnen und Hörern im Rahmen der Evaluationen stets hervorragend bewertet. Viele Alumni der Universität Bremen sind heute am Fraunhofer IFAM beschäftigt.
Im Rahmen der U Bremen Research Alliance (UBRA) vertiefte Matthias Busse die Zusammenarbeit zwischen der Universität Bremen, dem IFAM und weiteren Forschungsinstituten in Bremen. So war er unter anderem maßgeblich an der Entstehung des UBRA-Wissenschaftsschwerpunktes „Materialwissenschaften und ihre Technologien“ beteiligt. Beim allerersten Antrag für ein Exzellenzcluster zu Sensorischen Materialien war er in den Jahren nach der Jahrtausendwende der Sprecher der Antragstellenden. Als Mitglied des Bremer Forschungszentrums für Energiesysteme (BEST) trug er zuletzt zum Zukunftsthema der „Transformation der heutigen Energiesysteme“ bei. Dabei galt sein besonderes Interesse den Bereichen Energieeffizienz und CO2-Reduktion, insbesondere im Bereich Mobilität.
Die Nachfolge von Matthias Busse als geschäftsführender Institutsleiter am Fraunhofer‐Institut für Fertigungstechnik und Angewandte Materialforschung IFAM übernahm am 1. April 2024 Professor Bernd Mayer. Auch er lehrt seit mehreren Jahren am Fachbereich Produktionstechnik – Maschinenbau und Verfahrenstechnik.