Ihr Forschungsgebiet, das sie an der Universität Bremen fortsetzen wird, befasst sich vor allem mit dem wirtschaftlichen Angleichungsprozess zwischen Ost- und Westdeutschland und den Implikationen für die Wirtschaftspolitik. In dem Buch "Zweite Heimat" von Markus Decker, das im Sommer 2014 erschienen ist, wird Jutta Günther mit ihren Erfahrungen als westdeutsche Wissenschaftlerin an einem ostdeutschen Forschungsinstitut porträtiert.
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